基本的にユーザガイドページネーションクラスを見れば十分。
ただ、"use_page_numbers"についての記述がない。
system/libraries/Pagination.php
var $use_page_numbers = FALSE; // Use page number for segment instead of offset
オフセットじゃなくて、ページ数を使うようにするオプション。見た通りデフォルトはFALSE。twitter bootstrapに対応したページングにしたいなら、full_tagやcur_tagなどをこんな感じに設定してやれば良いと思う。
$config = array(
'full_tag_open' => '<div class="pagination pagination-centered"><ul>',
'full_tag_close' => '</ul></div>',
'cur_tag_open' => '<li class="active"><a>', 'cur_tag_close' => '</a></li>',
'num_tag_open' => '<li>', 'num_tag_close' => '</li>',
'first_link' => false, 'last_link' => false,
'next_link' => false, 'next_tag_open' => '<li>', 'next_tag_close' => '</li>',
'prev_link' => false, 'prev_tag_open' => '<li>', 'prev_tag_close' => '</li>',
);